国内外20名学者联名发文质疑NgAgo 韩春雨:将发表论文回应

募格学术2020-06-19 08:20:49

本文整理自澎湃新闻、新京报

韩春雨基因编辑技术的可重复性之争,在学术层面又有了新的进展。


11月16日,国内外20家实验室负责人联名撰写质疑NgAgo的论文并发表,这也是首次公开发表的、专门针对无法重复韩春雨NgAgo实验的学术论文。对此,韩春雨回应,他会把近期实验的发表出来,但不会马上发表。

图源网络

论文称实验无法重复

11月16日,针对河北科技大学副教授韩春雨课题组的NgAgo基因编辑技术,来自国内外20家实验室的负责人联名撰写文章《Questions about NgAgo》(《关于NgAgo的疑问》),以学术通讯(Letter)的形式在线发表在国内期刊《Protein&Cell》上。


通讯指出,各实验组在不同细胞系和生物中按照韩春雨描述的实验和检测方法进行重复实验,但均无法检测到NgAgo介导的基因编辑的产生。


这是科学家首次在学术期刊以公开发表通讯文章的形式,直接质疑韩春雨NgAgo实验的重复性。有分析称,这将针对韩春雨的NgAgo技术的争论推入了一个新的阶段。


11月16日下午,韩春雨在接受澎湃新闻记者采访时回应了上述联署文章。他仍坚持实验能够重复:“要用实验的方式回应,也会通过学术期刊给予回应。”


《Protein&Cell》是由高等教育出版社、北京生科院和中国生物物理学会联合创办的英文学术月刊,专注生命科学和生物医学的前沿热点,主编为中国科学院院士、生物学家饶子和。

通过学术渠道解决学术问题

此次联名撰写文章的国内外20家实验室负责人分别是:


美国国家人类基因组研究所高级研究员Shawn Burgess,
美国约翰•霍普金斯大学医学院教授程临钊,
温州医科大学教授谷峰,
中山大学生命科学学院副教授黄军就、松阳洲,
哈尔滨工业大学教授黄志伟,
美国加州大学洛杉矶分校教授林硕,
、周斌,
、李伟,
北京大学深圳研究生院秦伟,
北京大学生命科学学院研究员孙育杰,
北京大学生命科学学院教授魏文胜、张博,
上海交通大学教授吴强,

北京大学分子医学研究所教授熊敬维,
北京大学工学院教授席建忠,


这20人名单中,有17位是国内学者,来自国内基因编辑领域的一线实验室。其中11位学者(谷峰、黄志伟、李劲松、王皓毅、李伟、孙育杰、魏文胜、吴强、王晓群、熊敬维、杨辉),参与了今年10月10日实名质疑韩春雨实验结果并呼吁第三方介入调查的联合行动。


除了国内机构,这次新增加了3位海外实验室负责人。其中,Shawn Burgess所在的美国国家人类基因研究所,是全球最顶尖的生命科学研究机构之一,该机构大大加速了科学界在人类基因研究领域和遗传学领域的研究进展。程临钊所在的约翰•霍普金斯大学医学院,林硕所在加州大学洛杉矶分校,也是基因编辑领域的权威机构。


据了解,Shawn Burgess近10年的工作都专注于研究斑马鱼的基因诱变,来判断斑马鱼不同基因的功能,并由此推断人类同族体基因的功能,其研究团队曾在Science、Nature Genetics等知名杂志上发表过多篇论文。林硕教授长期从事动物遗传和发育学及化学生物学研究,其团队曾在Science、Nature Genetics、Nature Cell Biology和Nature Biotechnology、PNAS、 Development、Blood 和Plos Biology等国际知名杂志上发表论文150多篇。程临钊教授主要致力于人类干细胞生物学以及细胞工程学的研究,和血液病发生及用于治疗。他的科研团队在Nature Biotechnology、Nature Medicine、 Nature Genetics、Blood、PNAS、Stem Cells、Cell Research等国际知名杂志发表原创论文80余篇。


这篇论文的作者之一,哈尔滨工业大学生命科学与技术学院教授黄志伟表示,论文内容主要为各自所在的实验室无法重现韩春雨NgAgo的实验结果。作者除了之前的13名学者,还有新加入的学者。“大家在同一群里交流,全部都重复过实验,但没有得到预想结果”。


另一位论文作者温州医科大学教授谷峰则解释,这是一篇以信件形式发表的科学论文,是对韩春雨论文的验证工作。


以论文形式发表,在黄志伟看来是通过学术的渠道解决学术问题。“学术证明还是要将学术结果发表出来”,他说,“将大家的结果发出来,是希望更多学者了解这个技术真实的实验情况。如果有别人也去重复但没重复出来,他们并不是孤立的”。

20名学者论文质疑了哪些内容?

这场围绕“NgAgo基因编辑技术”的学术纷争始于2016年5月2日。当天,河北科技大学副教授韩春雨课题组在国际顶级期刊《自然-生物技术》上发表了NgAgo基因编辑技术的论文。刚发表时,NgAgo被认为是新一代基因编辑工具,可媲美此前有“基因魔剪”美称的CRISPR技术,被国内部分媒体誉为“诺奖级”学术成果。然而,之后的故事急转直下,全球数百家实验室,历时6个月的时间,没有一家宣布能重复成功。


20位国内外学者在这篇题为《关于NgAgo的疑问》的学术通讯中写道,各实验组在不同细胞系和生物(如鼠、斑马鱼)中按照韩春雨描述的实验和检测方法进行重复实验,但均无法检测到NgAgo介导的基因编辑的产生。然后,8个独立的实验组转而使用由韩春雨提供的NgAgo表达载体(CMV-NLS-NgAgo-SK),针对NBT论文图4中的293T细胞的相同基因进行诱导突变的实验,均未在目标位点检测到突变。



针对NBT论文图4中的293T细胞的相同基因进行诱导突变的实验,均未在目标位点检测到突变。


韩春雨此前多次公开表示重复实验需要“高超的实验技巧”,尤其是重复NBT图3中抑制外源转入的GFP的实验。该篇通讯的实验结果也表明外源转入的GFP表达确实在共转NgAgo和gDNA后表达有下降,但是通过测序没有检测到任何DNA被编辑。韩春雨后来又补充说明NgAgo对支原体污染敏感,可能导致重复实验失败。但通讯认为这么多独立实验室的细胞都被支原体污染是不现实的。事实上,几名署名作者在实验前已对细胞进行了检测,确认它们并未被污染。


该学术通讯写道,韩春雨原论文描述的实验步骤“似乎不需要任何‘高超的实验技巧’”。为此,有一些实验组甚至派了研究人员去韩春雨的实验室参观学习,但他们在那里并不被允许参与编辑哺乳动物细胞基因的实验。韩春雨给出的理由包括实验室冰箱坏了、细胞污染了,等等。


这篇质疑通讯在最后总结道,关于NgAgo的讨论在网络上愈演愈烈,有些讨论者支持韩春雨的实验数据,韩春雨也引用了《Nature》杂志记者David Cyranoski于8月9日所写的一篇报道,声称NgAgo的基因编辑功能已被证实。但大多学术界人士并不能得到更具体的信息。通讯呼吁这篇备受争议的论文的原作者们提供所有重复实验的必要细节,澄清所有相关疑点。

韩春雨回应:将发论文回应不会马上发布

对此,11月16日下午,当澎湃新闻记者在河北科大的实验室外采访韩春雨时,韩春雨已经知道了上述20位学者的联署学术通讯,但他说:“这次的联名文章我还没来得及看,但他们最后呼吁得很对,我现在正在做的实验就是要找出他们重复不出来的原因。”


韩春雨称,“他们重复不出来,这是一个新问题(编注:韩的原话如此)。我发第一篇文章并没有解决这些问题。科学里边有很多因素是不知道的。从有的实验室不能重复,到重复性差,到以后能经常重复,这是一个递进的过程,是个从偶然到必然的过程。”


韩春雨还说,“自从别人提起重复性的问题,我就也用外边的细胞株开始做了,一开始发现确实存在重复不出来的问题。但是现在我拿外边的细胞株已经可以重复出来了。这中间到底有什么不同,作为一名科研工作者,要用实验的方式回应。我会通过学术期刊给予回应的。”


此前面对质疑,韩春雨就曾告诉澎湃新闻,不会对网上的质疑做出回应,只会回应期刊上发表的同行评论文章,。今年10月10日,13位进行过NgAgo实验的国内生物学家通过媒体,对韩春雨的NgAgo论文进行了实名质疑,并呼吁第三方介入调查。时隔一个多月,他们其中大多数学者又联合了更多国内外实验室负责人,通过学术界处理科学争议的常用方式(即上述学术通讯)来进一步发表质疑。


作为韩春雨NgAgo技术论文的刊发期刊,《自然•生物技术(Nature Biotechnology)》未来也可能刊登同行评论文章。据人民网10月底报道,《自然•生物技术》发言人表示,已收到关于针对韩春雨论文的多个意见,经同行评议后,将有可能刊发这些意见。


该发言人还表示,根据《自然•生物技术》发稿规范,对于一些意义重大的批评,可能让作者或编辑推断出论文基本结论是无效的,原始论文会被撤稿;如果有必要突出和澄清原始论文的问题,来函可能会与撤稿声明一起刊登。


据澎湃新闻了解,在10月中旬,这篇发表于《Protein&Cell》的评论文章也曾投稿《自然•生物技术》。关于这篇国内学者联名撰写的评论文章是否会在《自然•生物技术》发表,《自然•生物技术》发言人在给澎湃新闻的回复邮件中表示,“由于作者与同行评议之间的保密政策,我们无法对投稿是否会被接收发表评论。但我们能告知的是,我们已经收到了大量的关于nbt.3547(注:韩春雨论文的刊发编号)论文的信件,并且已经慎重或正在慎重地考虑它们。”

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